A Universidade adota como base de sua organização acadêmica a estrutura departamental com o objeto de proporcionar orientação sistemática às atividades docentes e de pesquisa, por meio do agrupamento das matérias afins e a comunicação entre docentes e estudantes dos diferentes cursos. Os Departamentos são unidades acadêmicas responsáveis do desenho, da planificação e da execução da docência, da pesquisa, do desenvolvimento, da transferência e da extensão.

A autoridade máxima de cada Departamento é seu Conselho Departamental. Cada Departamento é dirigido por um Diretor, quem preside sessões do Conselho Departamental respectivo.