La UNQ fue creada mediante la Ley Nº 23.749 del Congreso de la Nación. Su sanción data del 29 de septiembre de 1989, aunque fue promulgada el 23 de octubre de ese año. Su normalización sucedió poco más de tres años después, el 12 de diciembre de 1992.
El edificio de la Universidad fue construido sobre terrenos donados por la empresa textil Fabril Financiera y abrió sus puertas con sólo 10 aulas para sus primeros mil alumnos. Desde entonces, el crecimiento edilicio ha sido acelerado.
En 1999 inauguró su primera aula virtual, con lo cual la UNQ originó la incursión de la Universidad pública en Internet. A través del Programa Universidad Virtual Quilmes, la UNQ se constituyó en una Universidad pionera en materia de educación no presencial en Latinoamérica.
Desde entonces, estudiantes de todas partes del mundo pueden acceder a una capacitación en sus propios tiempos, sin la necesidad de coincidir de manera sincrónica con los profesores, ni trasladarse para asistir a clases, sino simplemente por medio del acceso a la Web.