A Universidade adota como base de sua organização acadêmica a estrutura departamental com o objeto de proporcionar orientação sistemática às atividades docentes e de pesquisa, por meio do agrupamento das matérias afins e a comunicação entre docentes e estudantes dos diferentes cursos. Os Departamentos são unidades acadêmicas responsáveis do desenho, da planificação e da execução da docência, da pesquisa, do desenvolvimento, da transferência e da extensão.
A autoridade máxima de cada Departamento é seu Conselho Departamental. Cada Departamento é dirigido por um Diretor, quem preside sessões do Conselho Departamental respectivo.
A Universidade Nacional de Quilmes está constituída pelo:
:: Departamento de Ciências Sociais
:: Departamento da Ciência e Tecnologia
:: Departamento de Economia e Gestão
Escolas
As Escolas são unidades acadêmicas de menor escala para os Departamentos, com especificidade disciplinar e responsáveis pelo desenho, planejamento e execução do ensino, pesquisa, desenvolvimento, transferência e extensão.
:: Escola de Artes