La Universidad adoptó una estructura departamental. El Estatuto define a los Departamentos como unidades académicas responsables del diseño, la planificación y la ejecución de la docencia, la investigación, el desarrollo, la transferencia, y la extensión. La autoridad máxima de cada unidad académica es su Consejo departamental presidido por un/a Director/a, y un/a vicedirector/a, elegidos por el Consejo Departamental. Dentro de cada Departamento, a su vez, se definen agrupamientos por áreas las que se entienden corno unidades organizativas que agrupan a los docentes por áreas de conocimiento. Actualmente, la UNQ cuenta con tres Departamentos: Ciencias Sociales, Ciencia y Tecnología, y Economía y Administración; una Escuela Universitaria de Artes y una Escuela Secundaria de Educación Técnica.
Las Escuelas Universitarias tienen las mismas funciones que los Departamentos pero a diferencia de éstos, son unidades académicas organizadas en torno a la especificidad disciplinar. La autoridad máxima de de cada Escuela Universitaria es su Consejo de Escuela. Cada Escuela está dirigida por un/a Director/a, quien preside las sesiones del Consejo. Las carreras se gestionan en cada Departamento y en la Escuela.
En cuanto a la estructura de la programación académica, desde sus inicios, la UNQ viene ampliando y diversificando su oferta académica sumando carreras de grado, carreras de pregrado, ciclos de complementación curricular y profesorados. Se trata de estructuras curriculares flexibles, con diferentes grados de autonomía en la organización de los recorridos académicos de las y los estudiantes.
Movilidad Conurbano Bonaerense
En noviembre de 2018, la Universidad Nacional de Quilmes (UNQ), la Universidad Nacional de Avellaneda (UNDAV) y la Universidad Nacional Arturo Jauretche (UNAJ) firmaron un Convenio de Articulación Institucional para el mutuo reconocimiento de materias.
El convenio UNQ-UNDAV-UNAJ está dirigido a estudiantes de las tres Universidades, quienes podrán tomar cursos de las ofertas académicas de las Universidades participantes, obteniendo luego el reconocimiento automático en la Universidad de la cual es alumno/a regular.
El propósito es que los estudiantes cuenten con una oferta académica más amplia y diversa para completar sus estudios universitarios. Y que, asimismo, enriquezcan otros aspectos de su formación académica a partir del tránsito y la experiencia en otra institución de educación superior.