La UNQ está constituida por departamentos que actúan como unidades académicas. En ellas funcionan las áreas de docencia, segmentadas en diferentes disciplinas: matemática, física, química, historia, sociología, economía, administración, comunicación, filosofía, entre otras. Los docentes que dictan las materias integran alguna de esas áreas disciplinarias.
Las carreras, pertenecientes a cada departamento, tienen un director que planifica y organiza la oferta de cursos que los estudiantes pueden tomar cada cuatrimestre.
La UNQ brinda una oferta académica que privilegia la autonomía de los estudiantes a través de planes de estudio que brindan la posibilidad de realizar múltiples opciones de materias electivas, estimulando así la participación del estudiante en la definición de la orientación de su recorrido académico, con el objetivo de formar graduados preparados para los desafíos del mundo actual.